Beslutanderätten i Borgå kyrkliga samfällighet utövas av gemensamma kyrkofullmäktige vars ledamöter väljs genom församlingsval för en mandatperiod på fyra år. Vartannat år väljer gemensamma kyrkofullmäktige gemensamma kyrkorådet, som är den kyrkliga samfällighetens verkställande och administrativa organ. Församlingarnas beslutanderätt utövas av deras församlingsråd.

Direkt underställda gemensamma kyrkorådet finns dessutom tre direktioner, som bereder ärenden för gemensamma kyrkorådet och som utövar samfällighetens beslutanderätt med de befogenheter som de beviljats.